La maladie de Crohn est une des maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) qui peut atteindre tout le tube digestif de la bouche à l'anus, et éventuellement la peau, les articulations et les yeux. De cause inconnue, cette maladie est caractérisée par une inflammation le plus souvent retrouvée au niveau de l'iléon et du côlon, qui serait d'origine multifactorielle, faisant intervenir entre autres une composante génétique et le microbiome.
Il s'agit d'une maladie chronique évoluant typiquement par poussées espacées par des phases dites de rémission, asymptomatiques. Les signes digestifs sont le plus souvent à type de diarrhée, de douleur abdominale ou de lésion proctologique. Le diagnostic nécessite une fibroscopie œsogastrique et une coloscopie avec réalisation de biopsies. Le traitement est surtout médical avec l'utilisation de dérivé aminosalicylé au cours des poussées et d'immunosuppresseur en entretien. Une intervention chirurgicale est parfois justifiée. L'arrêt d'un éventuel tabagisme est conseillé.
Les causes de la maladie sont encore inconnues même si certains facteurs sont privilégiés : facteurs immunologiques, génétiques, environnementaux[24].
Il semble clair que l'inflammation est de nature auto-immune (c’est-à-dire un dysfonctionnement du système immunitaire qui ne reconnaît plus certaines cellules appartenant pourtant à l’organisme). Il est probable qu'une telle réaction soit déclenchée par un agent infectieux.
Il existe des facteurs génétiques de prédisposition à la maladie. Ces facteurs génétiques sont généralement associés à d’autres facteurs de risque pouvant déclencher la maladie. Le risque de transmettre la maladie à son enfant est multiplié par 10 à 15 si un parent est affecté (toutefois, il s'agit d'un risque relatif par rapport à une population non atteinte, le risque absolu reste limité). Les dernières hypothèses (en 2007) évoquent au moins 32 facteurs de risque génétique (plusieurs gènes potentiellement responsables ont été identifiés notamment NOD2 (CARD15)). En 2011, selon l'INSERM, les variations de près de 70 gènes pourraient être en cause et notamment certains par effet indirect ; les mutations du gène IRGM seraient responsables d'une augmentation du nombre des bactéries intestinales qui induirait une inflammation chronique.
Le microbiote intestinal de patients atteints de la maladie de Crohn montre une modification du rapport Firmicutes/Bacteroidetes, avec un rapport qui s’échelonne de 1/1 à 3/1 au lieu de 10/1 chez le sujet sain. On constate un déficit marqué du groupe Firmicutes, à la fois en nombre d’espèces et en proportion. La bactérie Faecalibacterium prausnitzii (en) serait absente ou en très faible quantité dans le microbiote intestinal des malades de Crohn.